به گزارش شبکه ایران، حجت‌الاسلام محمد خاتمی، رئیس بنیاد باران، هم نسبت به برنامه تلویزیونی "شاخص" واکنش نشان داد.
آقای خاتمی گفته که سخنان امام در این برنامه "مستند گزینشی" است.

او بر پایه این گفته خود، مدعی شد که این موضوع سبب می‌شود تا چهره‌ای "مخدوش" از انقلاب، امام و نظام را القاء کند.
رئیس دولت اصلاحات که امروز در جمع کارکنان خبرگزاری ایلنا سخن می‌گفت، توضیح نداده که منظورش از گزینشی بودن این برنامه چیست و اشاره او به کدام بخش از سخنان امام راحل است اما افزوده است که پرداختن به شخصیت حضرت امام باید جامع باشد.
وی تاثیر این برنامه را بیشتر بر روی نسلی دانسته که امام و موقعیت صحبت‌های ایشان را از نزدیک درک نکرده‌اند.
منتقدین رفتارهای اخیر موسوی،کروبی و خاتمی معتقدند از آنجا که اصلاح طلبان در ماه‌های اخیر با استفاده از عدم شناخت کافی نسل جوان از امام راحل(ره) کوشیده‌اند تا با شعار پیروی از آرمان‌های امام به رفتارهای خود وجهه مناسبی بخشند، پخش مستند شاخص توانسته باعث افشای تناقض رفتار آنان با خط و راه امام و ثبت تضاد دیگری در کارنامه اصلاح طلبان شود.
پیش از این نیز حجت الاسلام سید حسن خمینی که بخشی از رفتارهای او در ماه های اخیر حمایت از سران اصلاحات تلقی شده است، با استناد به شنیده‌هایش از برخی افراد که آن‌ها را منابع "موثق" نامیده بود، به پخش این برنامه اعتراض کرده بود.
وی در نامه‌ای که به رئیس سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی مدعی شده بود سخنان امام در مستند شاخص را "غیرواقعی" و "تحریف آمیز" است.                 
با این حال او هیچ توضیحی درباره آنچه منابع موثق و تحریف سخنان امام نامیده بود، نداد. سخنان سیدحسن خمینی در این باره همانند سکوت او در برابر  هتک حرمت امام(ره) از سوی فتنه گران در 16 آذر، انتقادات فعالان سیاسی را متوجه او ساخت.           
اما انتقاد و اعتراض آقای خاتمی و سیدحسن خمینی به پخش مواضع و دیدگاه های امام در قالب مستند شاخص در حالی بیان می شود که گزارش ها حاکی از استقبال مردم و فعالان سیاسی از این برنامه است.             
حتی دیروز 180 تن از نمایندگان مجلس شورای اسلامی بیانیه ای را در حمایت از برنامه های صدا و سیما پیرامون حضرت امام به ویژه مستند شاخص را امضا کرده اند.             
اسامی شماری از شخصیت‌های شاخص فراکسیون اصلاح طلبان مجلس همچون مسعود پزشکیان وزیر بهداشت دولت اصلاحات، مهدی سنایی، محمد حسین مقیمی، مهرداد لاهوتی، علی اصغر یوسف نژاد، مصطفی کواکبیان و داریوش قنبری هم، در ذیل این بیانیه به چشم می خورد. 
گفتنی است که مستند تلویزیونی شاخص از چند روز پیش از رسانه ملی پخش می‌شود و در آن مواضع و دیدگاه های امام (ره) پیرامون برخی مسائل از زبان خود ایشان مطرح شده است.